En el siglo XI, durante el tiempo de los Otones, el imperio nombraba cargos laicos en el papado. Esto se ve como una intromisión, pero los papas, frecuentemente, deben su cargo y su poder al emperador. Gregorio VI emprende una reforma de la Iglesia para recuperar su prestigio social y su poder de influencia y decisión en el Imperio. La cristiandad se debate entre la libertad de la Iglesia y la tendencia teocrática.

     Los emperadores no tienen una sucesión hereditaria asegurada, ya que su cargo es electo, y tampoco poseen un patrimonio territorial seguro. El primer enfrentamiento abierto entre el papado y el imperio fue la querella de las investiduras (1024-1122). El emperador se denominará augusto, rey de los romanos, utilizará todos los apelativos que suenen a descendiente de los emperadores romanos, y adquirirá un carácter sagrado, proclamándose Hijo adoptivo de Dios de quien recibe directamente el poder. Pero ha de ser coronado por el papa. El emperador se considera el legítimo sucesor de Pedro. Es lo que se conoce como cesaropapismo. El cesaropapismo alcanza su cima con Enrique III (1039-1056). Enrique III obligó al papa Gregorio VI a convocar el Concilio de Pavía y el Sínodo de Sutri, en el 1046. Para iniciar la reforma de las costumbres de la Iglesia, en donde que se condena la simonía y el matrimonio sacerdotal.

     Tras la muerte de Enrique III surge en Roma un movimiento tendente a liberar al papado del sometimiento al imperio. Reivindican la libertad de la Iglesia, en todo el mundo cristiano, para nombrar sus funcionarios. Tratarán de dignificar la vida moral de los clérigos, condenando la simonía, el nicolaísmo e imponiendo el celibato. Se pretenderá fortalecer la autoridad papal. Para ello se unificará la liturgia y los ritos de la Iglesia, con lo que todas las iglesias nacionales quedan sometidas a la autoridad del papa. Se suprime la investidura laica, la Iglesia nombrará a sus obispos, tendrá inmunidad jurídica e inviolabilidad para sus bienes y personas. El papa será independiente ante el emperador. El papa es quien nombra reyes y emperadores, y una condena o una destitución del emperador, por parte del papa, implicará que todos los nobles con opciones al trono imperial se pongan en contra del emperador. El poder civil debe procurar la salvación de todos los hombres, con lo que la Iglesia se convierte en la suprema autoridad moral, que debe controlar al poder temporal.

     Esta reforma irrita al emperador, que depone al papa y nombra a Nicolás II. Nicolás II seguirá adelante con la reforma, instituyendo el Colegio Cardenalicio, como único responsable de la elección del papa. Pero el gran papa reformado será Gregorio VII.

     La pugna entre el régnum y el sacerdócium surge entre Gregorio VII y Enrique IV. Durante la minoría de edad del emperador su poder se había debilitado, y había ganado posiciones el papa. Pero al llegar a la mayoría de edad, Enrique IV intenta recuperar su autoridad. El sometimiento de la nobleza alemana supone una intervención en los territorios papales. Además, había perdido su capacidad de nombrar a los obispos alemanes. En el 1076 se reúne el Sínodo de Worms, y el emperador y los príncipes alemanes deponen a Gregorio VII. Por su parte, Gregorio VII excomulga a Enrique IV. Los príncipes alemanes se reúnen en la Dieta de Tibur y deponen al rey de Alemania. El emperador se encuentra con una rebelión nobiliaria, al verse libres de su vasallaje por haber sido excomulgado el emperador. Enrique IV es derrotado y absuelto, por Gregorio VII, en Canosa en el 1077. Sin embargo, esto no detiene a los nobles alemanes, que deponen a Enrique IV y eligen un nuevo emperador, Rodolfo de Suabia, en el 1080. Gregorio VII reconoce al nuevo emperador. Enrique IV depone al papa, y Gregorio VII vuelve a excomulgar al emperador. Rodolfo muere en la guerra, en el 1080. El emperador nombra papa a Clemente III. En el 1083 Enrique IV conquista Roma, pero no hace prisionero al papa, que se refugia en el castillo de Sant Ángelo, de donde será liberado por los normandos de Roberto Guiscardo en el 1084.

     En el 1085 muere Gregorio VII, pero el conflicto continuará con los distintos papas. En el 1088 es nombrado papa Urbano II, que intentará buscar una solución de compromiso al conflicto. En el 1095 Urbano II proclama la primera cruzada. La intransigencia de los contendientes dificulta el entendimiento. En 1106 muere Enrique IV y sube al trono Enrique V. Enrique V intenta someter al papa y envía una expedición a Italia. El papa le excomulga. El emperador tiene que enfrentarse a las ambiciones de los príncipes alemanes. Los papas que elige la Iglesia y los que nombra el emperador se suceden. En 1119 Calixto II se impone como papa en Roma y renueva la excomunión de Enrique V. Pero en 1122 se alcanza un equilibrio y firman el Concordato de Worms que pone fin a la querella de las investiduras.

     El Concordato de Worms establece la distinción entre investidura temporal, o de los bienes seculares que eran cedidos en feudo; e investidura canónica, o de las dignidades eclesiásticas. Según esto, el papa investía a sus obispos y abades con el poder espiritual, y el emperador les concedía los feudos y los poderes seculares. En la práctica, la designación de los obispos siguió en manos del emperador.