En 1520 se sentencia en contra de la encomienda y en favor de la libertad de los indios, pero no se impiden los requerimientos. La encomienda se convierte, para evitar el nombre, en depósito de indios, pero los servicios a los que están obligados serán marcados y limitados por las autoridades. Se les ha de adoctrinar, y está excluido el trabajo en las minas. Además, el encomendero tiene obligación de acudir a las armas, y ha de residir en el territorio de manera permanente.

     El gobierno de Cortés en México se convierte, pronto, en un desgobierno tiránico. Para poner orden se crea la Audiencia de México, como prolongación de la de Santo Domingo. Pero la corrupción acaba con ella muy pronto. En 1530 se crea la segunda audiencia, que para evitar la encomienda crea una serie de señoríos jurisdiccionales al modo de los de Castilla. Sin embargo, se respetarán los derechos adquiridos, por lo que la encomienda tardará en desaparecer, ya que tales derechos son hereditarios.

     El primer presidente de la audiencia es Fuenleal, cuyo gobierno es breve pero transcendente, ya que con él se consolida la audiencia, se prohíben las entradas esclavistas, se fomenta el establecimiento poblador de los españoles, y se inicia la evangelización de los indios en Nueva España. En 1535 asume la presidencia de la audiencia Antonio de Mendoza, que será el primer virrey, e intentará recuperar la encomienda, con el repartimiento perpetuo de indios. El virrey tiene la facultad de organizar la vida del país, de hacer cumplir las leyes, y e incluso de dictarlas, porque aunque debían ser ratificadas por el rey estaban vigentes mientras tanto.

     En México había grandes diferencias entre la capital, donde estaba el poder, y el resto del territorio novohispano, donde los abusos de poder eran frecuentes. Esta circunstancia era posible debido a la enorme desproporción entre los medios reales y de los que teóricamente se disponían. El poder del gobernador no tenía oposición. La audiencia no era usada por los indios, que legalmente podían, por desconocimiento.

     El carácter de empresa capitalista de las entradas, en las que los soldados eran socios, hacía muy difícil su erradicación, y favorecía los abusos. Tampoco se pudieron evitar los atropellos de los gobernadores, a pesar de las visitas y del juicio de residencia.

     El descubrimiento y la conquista de Perú, y del Imperio inca, fue otro éxito militar. Pascual de Andagoya descubrió Perú, y Francisco Pizarro conquistó el Imperio inca en tres expediciones: una en 1524, otra en 1526 y la última entre 1531 y 1535. También el gobierno de Perú fue muy problemático, pero el país quedaba más alejado que Nueva España, y las soluciones llegaron más tarde y más tímidamente.

     1542 es un año en el que se reforma la Administración virreinal. Fray Bernardino de Minaya llevó en 1535 sus reivindicaciones ante el papa Paulo III, que promulgará tres bulas en las que se determinará: la obligación de la práctica bautismal, la prohibición de la esclavitud de los indios, y la condena contra los que negaban a los indios la cristianización. Carlos I reacciona ante estas bulas, ya que considera que son una intromisión del papa en los asuntos del emperador. En 1539 Francisco de Vitoria, desde Salamanca, hace una defensa doctrinal de los usos consagrados en las Indias, confirma el poder del emperador por su esfuerzo en extender la Fe, y defiende la guerra justa. En 1531 Las Casas había vuelto a la defensa de los indios tras el fracaso de sus misiones, y alcanza un gran prestigio ante el rey. En 1540 el rey ordena la reunión de una Junta de Consejeros Reales y juristas de prestigio, de la que saldrán en 1542 «Las Leyes Nuevas de Indias».

     Las Leyes Nuevas determinan: la creación de un Consejo de Indias, la fundación de dos nuevas audiencias (la de Perú y la de Confines, entre Guatemala y Nicaragua), la prohibición de la esclavitud de los indios, todos los indios repartidos quedaban bajo la jurisdicción de la corona, moderación en los repartimientos adquiridos legalmente, y prohibición de nuevas encomiendas (lo que implica la condena a muerte de la institución, por agotamiento). Además, las expediciones de descubrimiento deben tener una licencia de la audiencia y deben ser acompañadas por un religioso; lo que no evitó que continuasen siendo empresas capitalistas en las que el pillaje estaba a la orden del día. También se establecían las condiciones del asentamiento de colonos en nuevas tierras, y los tributos y servicios que los indios deben pagar como súbditos del rey.

     Existe una gran resistencia a la implantación de las Leyes Nuevas ya que suponen el fin de los privilegios de los encomenderos. La mayor oposición se da en Perú, el gran proveedor de plata, que amenaza con una gran tragedia y la disminución de los efectivos de plata, si el trabajo de los indios desciende. En 1546 se produce la Revocación de Manila y en Perú la encomienda de los beneméritos se hace hereditaria. Al mismo tiempo sé estable la mita, servicios obligatorios de los indios para el trabajo en la mina.